1. Η στάση της Καθολικής Εκκλησίας

Για πολλούς αιώνες το Αιγαίο έγινε το κέντρο αντιπαράθεσης μεταξύ ανατολικού και δυτικού κόσμου. Σε κοσμικό επίπεδο οι προσπάθειες δυτικών ηγεμόνων να κατακτήσουν εδάφη της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας ή και την αυτοκρατορία ολόκληρη ποτέ δεν έπαψαν, άλλοτε με τη μορφή σταυροφοριών και άλλοτε ως άμεση διεκδίκηση. Μετά το 1453 πρωτοπόροι της δυτικής διείσδυσης στο Αιγαίο έγιναν οι πειρατές, οι κουρσάροι και οι ιππότες της Μάλτας. Σε θρησκευτικό επίπεδο η σύγκρουση μεταξύ των Εκκλησιών Κωνσταντινούπολης και Ρώμης εκδηλώθηκε με δύο σχίσματα και βαθύτατο μίσος, που η Καθολική Εκκλησία τού απέδωσε ιδεολογικά χαρακτηριστικά με το στιγματισμό των ορθοδόξων ως αιρετικών. Η κρίσιμη αυτή λεπτομέρεια αποτέλεσε τη βάση για να δικαιολογηθεί η κατάληψη και η δήωση της Κωνσταντινούπολης από τους σταυροφόρους, όπως και το εκτεταμένο δουλεμπόριο σε βάρος των «Ελλήνων αιρετικών». Η αλλαγή στη στάση του πάπα το 16ο αιώνα και η άρση του αιρετικού χαρακτήρα του ορθόδοξου δόγματος είχε αποτέλεσμα το μετριασμό της αιχμαλωσίας «Ελλήνων» από δυτικούς τυχοδιώκτες. Στη σταδιακή διαφοροποίηση της αντιμετώπισης των ορθοδόξων συντέλεσε η ανεξάρτητη θρησκευτική πολιτική των Βενετών, που αποδείχτηκε αρκετά αποτελεσματική για τον περιορισμό των επιδιώξεων της Καθολικής Εκκλησίας στο «Θαλάσσιο κράτος», δηλαδή στα βενετοκρατούμενα νησιά του Αιγαίου και του Ιονίου πελάγους. Μετά την οριστική κατάλυση της ιταλικής κυριαρχίας στο Αιγαίο και έπειτα από μια περίοδο άνευ δραστηριότητας για την Παπική Εκκλησία, η διείσδυση του καθολικισμού ανατέθηκε στα μοναστικά τάγματα, που με την υποστήριξη της Γαλλίας και την αρχική ανοχή του τοπικού ορθόδοξου κλήρου συνέστησαν ένα δίκτυο επισκοπών και σχολείων αποκτώντας αρκετή επιρροή.

2. Οι Ιωαννίτες της Ρόδου

Η πρώτη διαρκής παρουσία μοναστικού τάγματος στο Αιγαίο καταγράφηκε στη Ρόδο, όπου οι ιππότες του Αγίου Ιωάννη μετέφεραν την έδρα τους μετά την κατάληψη του νησιού το 1309. Οι Ιωαννίτες προσπάθησαν να προσελκύσουν στις κτήσεις τους Λατίνους με φεουδαλικού τύπου εδαφικές παραχωρήσεις, χωρίς όμως να βρουν ανταπόκριση. Η αποτυχία της πολιτικής αυτής, σε συνδυασμό με το γεγονός ότι η κατοχή γαιών από τα μέλη του τάγματος δεν ήταν κληρονομική, είχε αποτέλεσμα να μη δημιουργούνται μόνιμες φεουδαρχικές εγκαταστάσεις. Έτσι η διατήρηση σε μεγάλο βαθμό της πρότερης κατάστασης όσον αφορά τη γαιοκτησία ευνόησε πιο ομαλές συνθήκες συμβίωσης με τους κατακτημένους, όπως και το γεγονός ότι οι ιππότες δεν απαιτούσαν στρατιωτικές υπηρεσίες από τους ντόπιους πληθυσμούς. Η παρουσία των Ιωαννιτών ιπποτών στη Ρόδο τερματίστηκε το 1522, με τη δεύτερη μεγάλη πολιορκία της πόλης της Ρόδου από τους Οθωμανούς.

3. Καθολικές κοινότητες και ιεραποστολές

Χρονικά η εκδίωξη των Ιωαννιτών συνέπεσε με την πλήρη επικράτηση των Οθωμανών, όπως και με την αρχή της Αντιμεταρρύθμισης στη Δυτική Ευρώπη, και σηματοδότησε τη νέα φάση διείσδυσης των καθολικών στο Αιγαίο. Αλλού, όπως στην Κίμωλο, η ίδρυση καθολικής κοινότητας προήλθε από την εγκατάσταση δυτικών ναυτικών και πειρατών το 17ο αιώνα. Στους χώρους κυριαρχίας των Βενετών, όπως και των Γενουατών, που ως το 1566 καταλήφθηκαν από τους Οθωμανούς, εδραιώθηκε η Καθολική Εκκλησία και από εκεί ξεκίνησε και πάλι η δράση της με την αποστολή ιεραποστόλων. Η οργάνωση και η υποστήριξη των αποστολών έγινε από την «Ιερά Σύνοδο προς Διάδοσιν της Πίστεως» (Propaganda Fide), που ιδρύθηκε στη Ρώμη το 1622 και είχε στόχο την ενίσχυση και εξάπλωση του καθολικισμού. Το σχέδιο που καταρτίστηκε για το Αιγαίο ήταν μέρος μιας ευρύτερης προσπάθειας σε δύο μέτωπα: την αναμέτρηση με τον προτεσταντισμό στη Δύση και την εξάπλωση της καθολικής επιρροής στην Ανατολή (έμφαση στην Πολωνία και στην Ουκρανία) σε βάρος των ορθοδόξων.

Όσον αφορά τη θρησκευτική διάσταση, σημαντική ήταν η λατινική κυριαρχία στη Χίο (1346-1566), όπου οι Γενοβέζοι απέφυγαν τη φεουδαλικού τύπου οργάνωση και επέτρεψαν τη διατήρηση πολλών από τις συνήθειες του τόπου. Εκεί συγκροτήθηκε η πιο ισχυρή καθολική κοινότητα του Αιγαίου και από νωρίς επιτράπηκε η δράση μοναστικών ταγμάτων. Από το δεύτερο μισό του 14ου αιώνα ιδρύθηκαν μονές Φραγκισκανών και Δομινικανών. Οι Ιησουίτες έφτασαν στη Χίο το 1592 και βρήκαν γόνιμο έδαφος για το έργο τους, ενώ ίδρυσαν σχολείο, το οποίο βρήκε θερμή ανταπόκριση από τους ντόπιους.

Οι Ιησουίτες εγκαινίασαν τον καθολικό τρόπο προσέγγισης των ορθόδοξων και καθολικών πληθυσμών του Αιγαίου με κύριο όχημα την εκπαίδευση, την ίδρυση σχολείων δηλαδή, την απαράμιλλη προσήλωση στα θρησκευτικά καθήκοντα, το κήρυγμα στη δημοτική και τη μετάφραση θρησκευτικών βοηθημάτων στα ελληνικά.

Με έδρα τη Χίο οι ιησουίτες, πριν από τη συστηματική εισροή μισιοναρίων, περιόδευαν στο Αιγαίο προσφέροντας τις υπηρεσίες τους στις εναπομείνασες καθολικές κοινότητες.

Από το 1622 εμφανίστηκαν στο Αιγαίο και οι Καπουτσίνοι, δρώντας κάποτε ανταγωνιστικά προς τους Ιησουίτες. Μέσα στο 17ο αιώνα και τα δύο τάγματα εξαπλώθηκαν σε όλα σχεδόν τα νησιά του Αιγαίου. Σε ορισμένα νησιά ιδρύθηκαν και μονές καλογραιών, όπως στη Σαντορίνη (Δομινικανές) και στη Νάξο (Ουρσουλίνες και Ευλαβείς). Παρά την κινητοποίηση των ιεραποστόλων και τη θερμή υποστήριξη της Γαλλίας από τα τέλη του 17ου αιώνα, οι καθολικές κοινότητες συρρικνώθηκαν ή εξαφανίστηκαν. Εξαίρεση αποτέλεσαν οι πολυάριθμοι καθολικοί στην Τήνο και τη Σύρο, πληθυσμοί που διατηρούνται ως σήμερα. Στήριγμα της Καθολικής Εκκλησίας στα περισσότερα νησιά του Αιγαίου αποδείχτηκε η παρουσία των δυτικών πειρατών. Η υποστήριξη που προσέφεραν αναπτύχθηκε σε πολλά επίπεδα. Η οικονομική συνεισφορά ήταν η κυριότερη, καθώς οι δωρεές προς τις επισκοπές και οι διευκολύνσεις σε ιερείς ήταν συνηθισμένες. Σε αρκετές περιπτώσεις αποτελούσαν τους ιδρυτές των καθολικών κοινοτήτων (π.χ. Μήλος, Κίμωλος). Η άλλη πηγή εισοδημάτων για την Καθολική Εκκλησία ήταν η ακίνητη περιουσία, που όμως είχε στο μεγαλύτερο μέρος της χαθεί μετά την οθωμανική κατάκτηση. Παρά τις προσπάθειες της βενετικής και γαλλικής διπλωματίας, λίγα από τα παλιά περιουσιακά στοιχεία περιήλθαν στην κατοχή των μισιοναρίων και των επισκόπων.

4. Αντιδράσεις στην εδραίωση της Καθολικής Εκκλησίας στο Αιγαίο

Όσο στο Αιγαίο εκτυλισσόταν η προσπάθεια εδραίωσης της Καθολικής Εκκλησίας τόσο δυνάμωναν οι αντιθέσεις ανάμεσα στους Δυτικούς που διατηρούσαν συμφέροντα στην περιοχή. Οι Βενετοί αντιδρούσαν συνολικά στην αναβίωση του καθολικισμού στην ελληνική χερσόνησο, φοβούμενοι την αυξανόμενη επιρροή της Γαλλίας και του παπισμού. Πολλές φορές προσπάθησαν να εμποδίσουν την εγκατάσταση ιεραποστόλων (Ιησουιτών και Καπουτσίνων) στα νησιά, καταφεύγοντας στην οθωμανική διοίκηση. Η επιδίωξή τους ήταν να αποδοθούν οι ναοί και οι μονές σε Βενετούς μοναχούς και ιερείς. Από τα τέλη του 17ου αιώνα, όμως, συντελέστηκε μια αλλαγή και εντός της Ορθόδοξης Εκκλησίας στα νησιά. Αναπτύχθηκε μια τοπική ορθόδοξη ιεραρχία που απέκτησε ισχύ, ταυτιζόμενη με τα συμφέροντα του Πατριαρχείου, υιοθετώντας παράλληλα αντιλατινική, αντικαθολική στάση. Το λατινικό στοιχείο άρχισε να υποχωρεί μεταξύ 1699 και 1760, ενώ η ραγδαία κατάρρευση της καθολικής επιρροής επήλθε ως το τέλος του 18ου αιώνα.